茅台酒的酒窖建设也颇有讲究。从窖址选地、窖区走向、空间高度，到窖内温湿度控制、透气性能，以及酒瓮的形式、容量、瓮口泥封的技术等，都极为严格。这些都是关系到成品酒的再熟化、香气纯度再提高的关键。酒窖里每天要有人检查，开关透气孔，控制温湿度。

三长飞天茅台酒工艺中的"三长"主要指飞天茅台酒基酒生产周期长、大曲贮存时间长、飞天茅台酒基酒酒龄长。飞天茅台酒基酒生产周期长达一年，共分下沙、造沙二次投料，一至七个烤酒轮次，可概括为二次投料、九次蒸馏、八次发酵、七次取酒，历经春、夏、秋、冬一年时间。而其他名白酒只需几个月或十多天即可。

飞天茅台酒大曲贮存时间长达六个月才能流入制曲生产使用，比其他白酒多存3-4个月，这对提高飞天茅台酒基酒质量具有重要作用，而且大曲用量大，是其他白酒的4-5倍。

长期以来，市场上一直有“五星”和“飞天”两种商标的茅台酒同时销售，据茅台集团公司有关负责人介绍说，使用“五星”商标和使用“飞天”商标的茅台酒，酒质上没有任何差别。在包装车间，经常是将同一批次的酒统一勾兑好之后，上午包装“五星”，下午接着包装“飞天”，或者在同一时间，这个班组包装“五星”，下个班组包装“飞天”，因此两种商标的茅台酒只不过是包装各异而已。

瓶装茅台酒的外包装大概经历了四次变化，尤其是瓶盖的变化最为明显。二十世纪五六十年代，塑料和铝还没有成为主要的包装用材前，酒瓶基本用木塞封口。到了二十世纪七八十年代，随着塑料在包装中的广泛使用，茅台酒也换上了螺纹聚乙稀小红盖，外面使用热收缩膜防伪。九十年代初，简单防伪的铝质盖出现，茅台酒也换上了这种盖。到了2000年以后，茅台酒换上了铝塑结合的伪盖。一个红色塑料盖被一圈红铝皮嵌扣在瓶颈上，启封时旋下外盖，就露出里面的倒酒器了。